Le origini della chiesa di San Francesco risalgono alla prima metà del XVI secolo per opera dell'Ordine religioso dei Frati Francescani, su un terreno donato da un benefattore devoto al Santo di Assisi. Insieme alla chiesa su costruito anche l'annesso convento.

La chiesa fu consacrata il 14 luglio del 1558 da Mons. Egidio Falcetta, vescovo di Caorle e Vicario Generale dell'Arcivescovo di Genova

il quale si trovava già a Rapallo per consacrare la chiesa della Madonna di Montallegro.

Nel corso degli anni la chiesa e il convento sono stati ampliati e abbelliti.

Dopo il periodo delle soppressioni napoleoniche, che ha visto il passaggio della chiesa nelle mani del governo, nel 1850 il comune affida ai Padri Somaschi la direzione delle scuole pubbliche, che avevano sede nell'ex convento, e ad officiare la chiesa. I Padri presero ufficialmente la cura della chiesa il 18 dicembre 1850.

Nel 1894 vennero rifatti i tre altari laterali e il pavimento della chiesa.

Nel corso del '900 i Padri hanno provveduto a rendere sempre più bella la chiesa: affreschi, quadri, rifacimento del pavimento del presbiterio, organo a canne e vetrate.